Район, в котором расположены Санболинские пещеры, начал приобретать современные геологические черты в эпоху палеозоя, который длился 330 млн. лет. В это время здесь существовал тектонический прогиб - древнее море. Это море было мелким, теплым, поэтому в нем накапливались соответствующие осадочные породы - песчаник, глинистые сланцы, алевролиты, а так же в небольшом количестве известняки.
Пещеры Биракана находятся на довольно близком расстоянии друг от друга. Имеется также транспортная развязка. Некоторые из пещер выходят на берег реки, а внутри них можно найти гейзеры и теплые озера, температура воды в которых не опускается ниже +20С.